Životi foka kao i celokupan eko-sistem jezera, ugroženi su lovom, krivolovom i zagađenjem samog jezera. Glavni zagađivači su industrijska postrojenja (uglavnom drvna industrija), poljoprivredna gazdinstva i gradske deponije. Osim krivolova, zakonom je dozvoljen i lov na belke, bebe foke.Love ih i ubijaju na najpodliji i suroviji mogući način i to samo zbog krzna. Ukoliko se nešto značajno ne promeni, populacija foka će biti na granici istrebljenja već u narednih 5-7 godina jer se, prema zvaničnim podacima, u periodu od 1994. do 2000. godine broj foka smanjio sa 104.000 na 67.000.Osim "legalnoga" lova, sirote foke su ugrožene i virusom koji se iznenada pojavio. Razlog je još uvek nejasan, ali je nesumljivo da čovek u tome ima svog udela. Foke su na vrhu lanca ishrane i to može biti objašnjenje zašto oboljevaju i ugibaju. Godišnje se u čistu vodu ispusti 24.000 tona otpada koji sadrži 32 teška zagađivača (sulfide, aceton, sulfate, fenol hlorid i dioksine) i koji čini 1% ukupne količine vodene mase jezera. Okolne reke su takođe zagađene, a poslednja merenja su pokazala da je nivo zagađenosti jednak nivou kritičnih delova Baltičkog mora.
Prirodnjaci koji kao jedino moguće rešenje vide zatvaranje određenih postrojenja, nailaze na nerazumevanje i odbijanje kako samih lokalnih, tako i državnih vlasti i industrijalaca, jer je prerada drveta glavna privredna grana koja kao takva zapošljava oko 3.000 ljudi od ukupne populacije (17.000). Međutim, treba uzeti u obzir da je alternativni vid zapošljavanja ljudi jedno od mogućih rešenja situacije - ta oblast je poznata po najvećem broju sunčanih dana (2583 časova godisnje). Uzgoj i prerada voća i povrća mogli bi biti podsticaj za stvaranje manjih i srednjih preduzeća koja bi uposlila eventualo otpuštene radnike. Drugi ekonomski potencijal Bajkalskog jezera je turizam. Grad Bajkal ne samo da se nalazi kraj jezera, već je i okružen istoimenim planinskim vencem i kao takav može biti zimski turistički centar. Ukoliko se nešto uskoro ozbiljno i temeljito ne uradi, ostaće nam samo sećanje na jedinu slatkovodnu foku -nerpu. Krivolov, lov kao i sama zagađivačka postrojenja moraju postati stvar prošlosti. Vratimo im ono što smo im oduzeli - pravo na život u njihovom prirodnom okruženju.
